【エヴァ】6章 碇ユイの箱舟計画とは

碇ユイが覚醒してからは、綾波レイやダミーシステムは拒否され、碇シンジしか初号機とシンクロできなくなります。

リツコ:「初号機はまだなの?」
ネルフ職員:「ダミープラグ、拒絶。」
ネルフ職員:「だめです、反応ありません!」
新世紀エヴァンゲリオン2より引用

つまり、この時点で、碇シンジが初号機パイロットになることがほぼ確定し、碇ユイはサードインパクトからシンジを守ることが可能になったのです。

碇ユイ:非公開情報
ユイは、被験者として接触実験を行ったがため、初号機にその魂を宿らせる事となった。シンジが初号機パイロットとして選ばれたのも、ユイの魂が宿っているからである。
新世紀エヴァンゲリオン2より引用

また、魂のコピーでは意思がないため、シンジを守ることができません。そのため、碇ユイはシンジやゲンドウとの、普通の家族の生活を捨てる代わりに、シンジを守るため、初号機と同化したのです。そして、ただシンジを守るだけではなく、シンジに他の子供たちの未来も託しました。

碇ユイ「母さんと約束しましょう。この先何が起こっても、世界中の人達の幸せをあなたが守るのよ。」
碇ユイ「あの子が人類の未来を救うのよ。破滅へ向かうしかなかった人類をあなたと私の子供が希望へと導いてくれる。」
新世紀エヴァンゲリオン 貞本義行 KADOKAWA(角川書店)より引用

漫画版エヴァでは、碇ユイは自分が初号機と同化する意思があることを実験前に冬月に告白しています。

碇ユイ「私が戻らなかったら、主人のことお願いしますね。」
冬月「いいのかね。碇に何も言わなくて。」
新世紀エヴァンゲリオン 貞本義行 KADOKAWA(角川書店)より引用

夫の碇ゲンドウに話せば、反対されることは確実であっため、彼女は夫に真意を告げられないまま、実験に臨みました。

碇ユイ「だって言ったら絶対に止められますもの。二度とエヴァに乗せてもらえなくなります。未来のためです。冬月先生。人類の未来のため、シンジと未来の子供たちのために、私は行くんですよ。」
新世紀エヴァンゲリオン 貞本義行 KADOKAWA(角川書店)より引用

実験終了後、冬月は碇ユイが自らの意志でエヴァに残ったことをあえて碇ゲンドウに告げませんでした。碇ユイと結婚したゲンドウに内心で嫉妬していた冬月は、態(わざ)と真実を伝えないことで、必死にユイを求めるゲンドウを陰であざ笑っていました。

冬月「君が自ら望んでエヴァに残ったことを私はずっと碇に言えずにいた・・・いや、言わなかったのだ。態(ワザ)と。奴が苦しんでいる姿を密かにあざ笑っていた。私は。すまなかった碇。」
新世紀エヴァンゲリオン 貞本義行 KADOKAWA(角川書店)より引用

ただし、これは漫画版エヴァでの設定であり、アニメ版やエヴァ2では、冬月は碇ユイが自らの意志で初号機に残ったことを前提に、ゲンドウと会話しており、ゲンドウにユイの想いを伝えている可能性があります。

冬月「ヒトは生きていこうとするところにその存在がある。それが、自らエヴァに残った彼女の願いだからな」
新世紀エヴァンゲリオンより引用

冬月「彼女が一人で初号機に残ったのは、我々の生きる強さを、信じていたからこそではなかったか。」
新世紀エヴァンゲリオン2より引用

碇ユイの真意を知らないゲヒルンのメンバーは碇ユイを取り出そうと試み、赤木ナオコ博士が考案したサルベージ計画を実行します。後に、碇シンジも初号機と同化した際、このサルベージ計画によって救出されていますが、

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